Năm lên 8 tuổi, được song thân cho xuất gia học đạo với Hòa thượng Phổ Hiện, tại chùa Khánh Long, Diên Khánh. Sau khi Bổn sư viên tịch, Ngài y chỉ với Hòa thượng Chánh Ký, kế vị trụ trì chùa Khánh Long. Năm 1943 được y chỉ sư gửi đến thọ giáo với Hòa thượng Bích Không, trụ trì chùa Hải Đức (Nha Trang).

Pháp tướng Hòa thượng Thích Trừng San

Mùa đông, năm 1945 (23 tuổi), đất nước lâm vào cảnh điêu linh vì giặc ngoại xâm. Ngài đã phải ứng cơ độ thế, tham gia vào lực lượng Việt Minh chống giặc ngoại xâm bảo vệ tổ quốc. Sau một thời gian hoạt động Cách mạng, Ngài đã bị địch bắt giam ở nhà ngục Kon Tum suốt bảy năm trường. Mãi đến mùa hè năm 1953 (năm 31 tuổi), từ ngục tù Kon Tum trở về, Ngài lại tiếp tục cuộc sống tu hành ở Phật Học đường Hải Đức Nha Trang (vừa được thành lập tại chùa Long Sơn, trụ sở Tỉnh hội Phật giáo Khánh Hòa).

Năm Đinh Dậu 1957, hai Phật học đường Báo Quốc và Nha Trang được sát nhập thành Phật Học viện Trung phần, đặt cơ sở tại chùa Hải Đức, Nha Trang, Ngài là một trong những thành viên đầu tiên của Phật Học viện này. Cũng từ đó, cuộc đời tu hành của Ngài đã gắn chặt vào công tác đào tạo Tăng tài của Phật Học viện Trung phần, với bao nỗi thăng trầm, biến chuyển cho mãi đến ngày mãn duyên cõi tạm.

Cuối năm 1957 (35 tuổi), Ngài được thọ Cụ túc giới tại Đại giới đàn đầu tiên của Phật Học viện Trung phần do Hòa thượng Thích Giác Nhiên (chùa Thiền Tôn – Huế) làm Đàn đầu truyền giới. Trong giới đàn này Ngài là Thủ Sa di.

Năm Kỷ Hợi 1959, do nhu cầu Phật sự quá cấp thiết, Ngài được Phật Học viện đề cử vào trụ trì chùa Thiên Bình, xã Hòa Tân, Cam Ranh, tỉnh Khánh Hòa. Sau một thời gian, Ngài được Phật Học viện Trung phần gọi về tham gia công tác quản lý tại đây.

Năm Ất Tỵ 1965, Ngài cầu pháp với Hòa thượng Thích Trí Thủ, Giám viện Phật Học viện Hải Đức, Nha Trang, được ban cho pháp hiệu là Hải Tuệ và được truyền bài kệ phú pháp như sau:

 “Hải tánh nan tư nghì 
Thừa đương nhân tự tri 
Không hoa do nhãn ế 
Sanh, Phật tất giai phi”

Cũng vào năm này 1965, Giáo hội thống nhất cơ cấu tổ chức Phật Học viện toàn quốc, Ngài được đề cử giữ chức vụ Giám sự Phật Học viện Hải Đức, Nha Trang. Đồng thời, Ngài được mời giữ chức Giám viện Phật Học viện Sơ đẳng Linh Sơn, Chùa Linh Sơn Pháp Bảo , thôn Phú Nông , xã Vĩnh Ngọc, thành phố Nha Trang.

Năm Kỷ Dậu 1969, Ngài chứng minh sáng lập “ Y Vương Niệm Phật Đường ” tại bệnh viện tỉnh Khánh Hòa.

Năm Canh Tuất 1970, Ngài kiêm nhiệm trụ trì Chùa Diên Thọ, trụ sở Giáo hội Phật giáo huyện Diên Khánh, và chùa Linh Phong (chùa Núi) Vĩnh Thái – Nha Trang.

Năm Nhâm Tuất 1982, sau khi Giáo hội Phật giáo Việt Nam được thành lập, Ngài được đề cử giữ chức Ủy viên Tăng sự trong Ban Trị sự Tỉnh hội Phật giáo tỉnh Phú Khánh cho đến đại hội Phật giáo tỉnh Khánh Hòa nhiệm kỳ I năm 1991 (sau khi tách tỉnh).

Cuộc đời của Ngài, từ lúc trưởng thành cho đến khi già yếu, đã hòa nhập vào những bước thăng trầm của đạo pháp và dân tộc. Từ kháng chiến gian khổ, ngục tù khắc nghiệt, cho đến cuộc sống tu hành nghiêm tịnh chốn thiền môn công tác Phật sự liên tục dồn dập, Ngài vẫn không từ nan phục vụ, không tránh né khó khăn; ở đâu cần thì Ngài đến, Phật sự nào được giao phó Ngài đều chu toàn.

Do sự cống hiến quên mình ấy, nên sức khỏe của Ngài đã dần dần giảm sút theo tháng năm, tuổi tác. Cho đến năm 1988 Ngài yếu hẳn và trọng bệnh phát sinh. Trong thời gian tịnh dưỡng ở chùa Long Sơn, mặc dù xác thân tứ đại hoành hành não bệnh, nhưng Ngài vẫn không xao lãng công phu tu niệm.

Một hôm, như biết trước cơ duyên sắp mãn, Ngài nhờ môn đồ chở đi thăm viếng hầu hết các cảnh chùa trong huyện Diên Khánh. Đây là lần thăm viếng quê hương cuối cùng của Ngài.

Đêm 21 tháng 11 năm 1991 tức ngày Rằm tháng 10 năm Tân Mùi, trước số đông pháp hữu, pháp quyến đến thăm Ngài, đang nằm trên giường bệnh, Ngài tỉnh táo hỏi : “Hôm nay là ngày mấy ? ” quý pháp hữu trả lời bằng ngày Dương lịch, Ngài nói: “ Không, ngày Âm lịch kia ”. Sau khi nghe trả lời, Ngài im lặng mỉm cười!

Đến lúc 10 giờ sáng ngày 22 tháng 11 năm 1991 (16 tháng 10 năm Tân Mùi) hóa duyên đã mãn, Ngài đã an nhiên xả bỏ báo thân, thu thần nhập diệt trụ thế 70 năm, hưởng 35 tuổi đạo.

Ngài đã nêu cao tinh thần Bi, Trí, Dũng phục vụ chúng sinh, cống hiến trọn vẹn đời mình cho sự nghiệp chung của đạo pháp và dân tộc Việt Nam.

Thật đúng là:  

Rồng quyện xứ Trầm Hương 
Cảnh gợi tình thơ chào Hải Đức. 
Mây bay trời Diên Thọ 
Tâm nhuần ý đạo viềng Nha Thành… 

– Tưởng niệm Húy nhật lần thứ 23 Hòa thượng Thích Trừng San (16/10/Tân Mùi - 16/10/Giáp Ngọ)