Năm niên hiệu Vĩnh Trị (1678) vua Lê Hy Tông ra lệnh cho các quan khắp nước bất cứ ở đâu Tăng Ni hoặc già hoặc trẻ đều đuổi hết về rừng núi. Sư biết được tin này rất đau lòng, tự nghĩ: “Tại sao nhà vua đối với đạo Phật lại cho là vô dụng? Nếu ở núi rừng, dù thuyết pháp đá phải gật đầu, giảng kinh được hoa trời rơi loạn, cũng chẳng có lợi ích gì cho chúng sanh. Nếu không hoằng dương được chánh pháp thì làm sao đáng đền ơn Phật Tổ! Chỉ riêng tốt cho mình thì làm sao độ được hàm linh trong bể khổ, thật uổng công vào cửa Phật, luống trôi qua một đời.” Sư bèn quyết tâm rời chốn sơn dã về đất thần kinh, mong cảnh tỉnh nhà vua, cứu vãn Phật pháp trong khi tai nạn. Sư trở về trình thầy để xin phép đến kinh đô, Thiền sư Thông Giác hoan hỉ. Sư đi mấy hôm đến chùa Cổ Pháp, xin phép nghỉ lại trong chùa, vị Trụ trì ở đây tiếp đãi rất ân cần. Suốt đêm, Sư tọa thiền đến khi nghe tiếng chuông sáng mới xả thiền, lên điện lễ Phật. Khi lễ, Sư nhìn lên thấy tượng đức Điều Ngự, Sư liền viết bài thơ dâng lên như sau:

Trước là vua sau cũng là vua

Xưa sao kính mộ nay chẳng ưa?

Có linh xin nguyện phen này đến

Cửa khuyết ra vào được tự do.

(Tiền Quốc vương hề hậu Quốc vương

Tiền hà kỉnh mộ hậu hà mang

Hữu linh tương nguyện kim phiên xuất

Ư cửu trùng môn nhập bất phương.)

Ba hôm sau, Sư đến kinh đô vào cửa Đông thì trời đã tối, nghe có tiếng mõ ở gần khám đường, ngỡ đây là nhà Phật tử, bèn gõ cửa. Chủ nhân mở cửa trông thấy Sư liền thỉnh vào nhà. Vào nhà, Sư thấy trên bàn thờ Phật hương đèn trang nghiêm, bèn hỏi:

- Tượng Phật thờ là từ đâu có ?

Chủ nhà đáp:

- Tôi là cai ngục, nhân đào đất được tượng đồng nên đem về thờ.

 Sư bảo chủ nhà:

- Tượng Phật quí như thế lẽ nào lại thờ nơi thấp bé thế này, tôi muốn cùng anh mai ra thành phố quyên tải những nhà hảo tâm để mua cây gỗ cất một ngôi chùa nhỏ thờ Phật mới xứng đáng.

Chủ nhà liền bằng lòng.

Sáng hôm sau, Sư ra phố phường quyên tiền, gặp quan Đề Lĩnh bắt đem về dinh chất vấn:

- Hiện nay lệnh vua truyền khắp nước, tất cả Tăng Ni già trẻ đều phải vào ở trong rừng núi. Ông là người thế nào dám bỏ núi rừng về kinh kỳ đi lại tự nhiên như thế này ? Có phải khinh thường pháp luật của vua không ?

Sư trả lời:

- Mệnh lệnh của vua mà có ai dám trái phạm, chỉ vì kẻ tăng quê mùa này ở trong núi sâu được một viên ngọc quí, mang đến đây để dâng hiến nhà vua, xin ông đạo đạt lên vua cho tôi dâng ngọc, dâng xong tôi sẽ trở về núi.

 Quan Đề Lĩnh nghe xong liền vào triều tâu lên vua. Vua sai quan Đề Lĩnh ra nhận ngọc đem vào vua xem. Đề Lĩnh về thuật lại Sư nghe.

Sư nói:

- Viên ngọc quí rất thiêng liêng vô giá, người ăn cá thịt hôi tanh không thể cầm giữ được, dám phiền ông trình lên nhà vua cho tự tay kẻ hèn này dâng lên nhà vua, cho mãn nguyện của kẻ trung thành ở nơi hoang vắng.

Quan Đề Lĩnh vào tâu lại, nhà vua không bằng lòng. Sư than: “Mặt trời tuy sáng tỏ, không khỏi bị mây che. Mặt trăng dù rạng ngời, khó khỏi đám mây phủ, việc này như thế ta biết  làm sao?” Sư ở đây ba tháng mà không vào được triều đình, bèn suy nghĩ viết một tờ biểu, nói rõ việc tu hành cách thức làm yên nhà lợi nước một cách rành mạch rõ ràng. Thí dụ đạo Phật như là hòn ngọc quí soi sáng mười phương, phá dẹp mọi mây mờ u tối. Viết xong, Sư để trong cái hộp đem dán kín cẩn mật, xin cầu quan Đề Lĩnh vào triều tâu lên Thánh thượng một lần nữa rằng: “Xin nhà vua chọn lấy một ông quan văn trung trực thanh liêm, tắm gội và trai giới ba ngày, sẽ ra nhận ngọc quí dâng lên vua.”

Vua nghe xong liền phán cho viện Hàn lâm chọn một người rất tín cẩn, thành tâm trai giới ba ngày rồi đến chỗ vị tăng quê nhận lấy hòn ngọc dâng lên vua. Vị quan văn được đề cử giữ đúng trai giới ba ngày xong, liền đến dinh quan Đề Lĩnh hỏi vị tăng để nhận ngọc. Sư trao cái hộp, dặn dò cẩn thận dâng lên tận tay vua. Vị quan văn bưng hộp ngọc đến trước triều dâng lên vua, khi mở ra xem chỉ là một tờ biểu, chớ không có hòn ngọc nào. Vua phán vị quan văn đọc tờ biểu cho vua nghe. Vị quan quì đọc xong, vua nghe qua thấy lý lẽ rõ ràng, sự tình đầy đủ, lời văn sáng suốt, ý tứ thâm trầm, bèn ra lệnh quan Đề Lĩnh dẫn vị tăng này vào triều.

Khi vào triều, vua cho Sư ngồi một bên trước mặt vua. Vua hỏi những sách lược trị dân, Sư ứng đối sự lý rất dung thông. Khi ấy, vua phán: “Đạo Phật là viên ngọc quí, chẳng lẽ trong nước chúng ta không dùng, Tăng Ni hay khuyên người làm thiện, tại sao lại vất bỏ đi? Người đem Phật pháp khai hóa dân chúng cũng là phương pháp tốt giúp cho triều đình trị dân.” Vua liền mời Sư ở lại chùa Báo Thiên để bàn luận đạo lý. Thượng hoàng nghe tiếng sai Trung sứ đến nói với vua thỉnh Sư vào cung diễn giảng kinh pháp. Vua cũng đến dự nghe thấu hiểu đạo lý, liền ban cho Sư được quyền ra vào nội cung để tuyên dương chánh pháp, đồng thời ra lệnh thu hồi lệnh trước, để Tăng Ni tự ý trở về chùa mình ở đâu tùy duyên giáo hóa.

Vua Lê Hy Tông đã thấm nhuần đạo lý, thành tâm sám hối lỗi trước của mình, nên tạc hình vua quì mọp để tượng Phật trên lưng để tỏ lòng thành sám hối. Tượng này hiện còn thờ ở chùa Hồng Phúc.

Đã giải được ách nạn của Tăng Ni (Phật pháp) và giáo hóa được vua chúa trong triều, Sư nghỉ việc xin vua về núi thăm thầy. Vua bằng lòng liền ban áo gấm cho Hòa thượng ở núi để an ủy, tặng tiền bạc để Sư làm lộ phí, hẹn thời gian ngắn gặp lại.

Hôm ấy, Sư lên đường khi đến bến đò Bồ-đề, thấy nước sông Nhị trong veo thuyền lớn nhỏ qua lại tự do, liền cảm hứng làm bài thơ:

Ngàn tầm sông Nhị đục rồi trong

Qua lại thuyền bè rất thong dong

Mừng gặp Bồ-đề đồng đến bến

Toại lòng ta nguyện độ quần sanh.

(Thiên tầm Nhị thủy trọc hoàn thanh

Phao quá đông tây vãng phục hành

Hỉ đáo Bồ-đề đồng đáo ngạn

Toại dư xuất thế độ quần sanh.)

Sau đó, về đến Đông Triều, rồi tới Hạ Long, Sư lên điện lễ Phật, vào phương trượng lễ thầy, mọi người gặp lại trong niềm hoan hỉ. Ở lại thời gian, Sư từ giã trở lại kinh đô. Về đến kinh vua chúa đều mừng rỡ. Vua ban cho Sư chức Ngự  Tiền Chi Quân (ngồi ở trước vua) và áo gấm. Sư từ chối chức tước, chỉ nhận áo gấm cho vui lòng vua. Sư tổ chức khắc bản in kinh Hoa Nghiêm để ở chùa Báo Thiên, khắc bản kinh Pháp Hoa in để ở chùa Khán Sơn. Bấy giờ bà Quốc nhũ (mẹ vú của vua) quê ở Hòe Nhai mời cậu vua phát tâm cúng dường cho Sư tu sửa chùa Hồng Phúc. Sư nhận lời khởi công xây dựng không bao lâu thì được hoàn thành. Làm chùa xong còn dư tiền, Sư sáng lập chùa Cầu Đông, xong xuôi Sư xin vua cho người cai ngục lúc trước làm tăng gìn giữ chùa Cầu Đông.

Sau Sư trụ trì ở chùa Hồng Phúc, thường tới lui giảng đạo cho vua chúa nghe. Ngày tháng trôi qua, Sư thấy tuổi già sắp đến ngày viên tịch, bèn gọi đệ tử là Thiền sư Tĩnh Giác hiệu Hạnh Nhất đến dạy: “Gió từ thổi mạnh cuốn sạch mây mù, vầng mặt trời trí tuệ sáng ngời, gió lành thổi mát trong triều ngoài nội, nhưng không hề trụ trước, vì không cũng hoàn không. Trước sau như một cho ngươi hiểu rõ ba điểm hiển mật, cho ngươi giữ lấy trung đạo, ra đời độ người nay cũng như xưa, trời Tây, cõi Đông đạo vốn như nhau.” Dặn dò xong Sư nói kệ:

Xuân đến hoa chớm nở

Thu về lá vàng rơi

Đầu cành sương lóng lánh

Cánh hoa tuyết rạng ngời.

Buổi sáng trời trong rồng bày vảy

Ngày trưa mây sáng voi hiện hình

Vằn cọp tuy thấy một

Bầy phụng thể toàn đồng.

Đạt-ma Tây sang truyền pháp gì?

Cành lau qua biển nổi phau phau.

(Hoa khai xuân phương đáo

Diệp lạc tiện tri thu

Chi đầu sương oánh ngọc

Ngạc thượng tuyết liên châu.

Thanh thần vân tán sản long giáp

Bạch nhật hà quang lỏa tượng khu

Báo văn tuy kiến nhất

Phụng chúng thể toàn câu.

Đạt-ma Tây lai truyền hà pháp ?

Lô hoa thiệp hải thủy phù phù.)

Truyền pháp xong, Sư bảo: “Báo thân của ta đến đây đã hết.” Nói rồi, Sư ngồi trên giường thiền yên lặng thị tịch. Bấy giờ là ngày 16 tháng 7 năm Tân Sửu nhằm niên hiệu Vĩnh Thịnh thứ năm (1711) triều Lê Dụ Tông, Sư thọ 72 tuổi. Đệ tử làm lễ hỏa táng xong, thu xá-lợi xây tháp ở Đông Sơn để thờ.

Hình ảnh thêm về Thiền sư Tông Diễn và câu chuyện cảm hóa nhà vua